Medlemsorganisationerna är indelade i 41 geografiska distrikt. På distriktsstämmorna utses ombud från medlemsorganisationerna till fullmäktige, minst en för varje distrikt, som samlade till föreningsstämma är det högsta beslutande organet i Fonus. På distriktsstämman utses också det distriktsråd som ska vara en länk mellan den affärsmässiga verksamheten och medlemsorganisationerna.

Föreningsstämman ska hållas senast under maj månad varje år. Förutom fullmäktige utser personalen fem fackliga ombud. Varje fullmäktige och ombud har en röst vid stämman, vars dagordning framgår av stadgarna. Stämman ska bland annat fastställa årsredovisningen och ta ställning till om ansvarsfrihet kan beviljas styrelse och VD. Stämman väljer också styrelsen som kan bestå av lägst åtta och högst tolv ledamöter.